Le but de la Société Henri IV est défini dans ses statuts : « elle organise et soutient toute manifestation à caractère scientifique «se rapportant à Henri IV et à son époque» (Art. 3).
A ce titre, le président de la Société Henri IV coordonne et promeut les manifestations relatives à Henri IV, action qui prend tout son sens à l’approche de 2010 et des commémorations de l’assassinat d’Henri IV.
La Société Henri IV a une importante activité éditoriale, par la publication d’actes de colloques ou le soutien à des ouvrages scientifiques. Elle publie depuis 1997 un bulletin semestriel, La Lettre de la Société Henri IV, diffusé auprès de ses adhérents, de bibliothèques et services d’archives, pour rendre compte de l’actualité scientifique sur cette thématique. Depuis 2001, La Lettre de la Société Henri IV poursuit par ailleurs une politique de publication d’articles et de documents inédits.
La Société Henri IV organise également colloques et conférences : en 1998 le colloque international Paix des armes, Paix des âmes autour de l’édit de Nantes a rassemblé plus de trente communicants. Les actes en ont été publiés en 2000 avec l’Imprimerie nationale. En 2010, la Société Henri IV sera le principal organisateur du colloque Régicides en Europe du XVe au XIXe siècle (Pau, Musée national et Université).
La Société Henri IV a par ailleurs soutenu de nombreuses autres rencontres, tels les colloques Jeanne d'Albret et sa cour ou Voltaire, la Henriade et l’Histoire (Pau, 2001), Servir Dieu, le roi et l’Etat. Philippe Duplessis-Mornay (1549-1623) (Saumur, 2004) ou encore La vie de Cour dans les châteaux royaux de Saint-Germain-en-Laye au XVIe siècle d'Henri II à Henri IV (1547-1610) (Saint-Germain-en-Laye, 2008).